사업연도 중 발생한 사업비의 예금이자는 원칙적으로 발생한 연도의 예산에 자체적으로 편성하여 사용하여야 한다.
이 때, 사업단별 사업비 발생 및 사용내역은 연도별 사업비 사용실적 보고 시 포함하여 보고하여야 한다.

사업비 발생이자를 포함한 전체 사업비는 제12조에 따른 기준을 준수하여 편성하되, 사업단운영비 내 성과급, 간접비로는 편성할 수 없다.

사업비 공동관리 계좌 등에서 공동으로 발생된 이자 및 수익금은 일정한 비율에 따라 고르게 나누어 사업비에 산입하여야 한다.

사업비의 집행내역은 사업비 집행 후 30일 이내에 연구비전산종합관리시스템에 입력하여야 한다.
이 때, 사업 연도 종료월에는 지출에 대한 원인행위가 발생하여도 사업 연도 종료일 현재 미지급된 금액은 제외하여 입력하여야 한다.